一般来，巧克力囊肿手术方式，目前有三种，一是开腹手术，即通过在下腹做切口，进行病灶剥离，可以同时处理粘连和输卵管疏通，手术时间长。

但是，开腹有许多缺点，比如创口大，会留疤，恢复期相对长，工作的人需要请比较长时间的假用于手术和术后恢复。而且，复发率略高于腹腔镜，且对卵巢功能有一定的影响，若有囊液溢出的话，会造成再种植风险。

所以，这个术式现在基本上被腹腔镜手术给替代了。

腹腔镜手术是子宫内膜异位症诊断的金标准，通过在腹部（脐孔、右麦氏点及左侧对应点）刺孔，入腹腔镜进行检查和囊肿剥离。可以处理粘连，也可以处理输卵管疏通。